企业物流整合涉及到跨职能部门的作业，因此面临的阻力是多方面的。

一是企业组织结构。企业传统的业务组织结构会影响到任何一项跨职能部门作业的执行，因为传统的业务组织结构反应出来的是相对独立的部门运作，而企业物流整合则要求在各职能领域间进行高效的合作与协调。因此，企业实施物流整合要从调整企业组织结构入手。

二是绩效衡量体系。企业传统的绩效衡量体系往往是针对相对独立的组织部门而分别制定标准进行考核，也就是说企业传统的绩效衡量体系基本上是依循企业传统的组织结构来设计的。企业实施物流整合，调整了传统的组织结构，就必须相应地调整绩效衡量体系，否则达不到预期的目的。

三是货物所有权问题。存货可以有效帮助物流的某一功能的实现。保持足量供应是获得存货所有权的传统方法，应同时避免需求及作业中的不确定因素。但保持足量供应势必增加库存对财务资金的占用，同时相应增加企业风险。

四是信息技术。信息技术是实现物流整合的关键因素。企业的信息系统传统上也是按照组织结构的思路来分别进行设计的，这就使得企业许多数据库仅限于在特定的职能部门内使用，在涉及跨职能部门时，信息难以共享

还有一个方面是知识相互传递的能力。实践证明，如果在企业内分享经验的能力受到限制同样严重影响到企业的物流整合。比如，当富有经验的工作人员因退休或其他原因离开企业时，无法对知识进行转化或传递，而新人又需要很长的一段时间才能适应，那么在这种情况下就会对物流整合形成阻力。总之，物流是一项综合性的业务，涉及众多职员和各功能领域，而在物流领域中知识和经验的传递又往往很难标准化。因此，企业要实施有效的物流整合，还必须解决知识与经验的积累与传递问题，即解决企业的知识库问题。

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